Dem Bundespräsidenten sind gute Kontakte zu allen Vertretern der in Österreich gesetzlich anerkannten Religionsgemeinschaften wichtig. Er begrüßt daher "alle Anstrengungen, die unternommen wurden und unternommen werden, um das friedliche Zusammenleben zwischen den verschiedenen Religionen zu festigen". Zum verfassungsrechtlich verankerten Verständnis von Freiheit zählt auch die Freiheit der Religionsausübung. Daher bekennt sich Österreich zum Grundsatz des friedlichen Zusammenlebens der gesetzlich anerkannten Religionsgemeinschaften und zur Bereitschaft zum Dialog.
Im September 2007 empfing der Bundespräsident Papst Benedikt XVI. zu einem zweitägigen Besuch in Österreich. Der Papst betonte seine Zufriedenheit mit dem Eintreten Österreichs für eine internationale Achtung der Religionsfreiheit.
Am 18. Juli 2011 begrüßte Heinz Fischer den neuen Präsidenten der Islamischen Glaubensgemeinschaft in Österreich Fuat Sanac in der Präsidentschaftskanzlei. "Der Islam, der 2012 seine 100-jährige Anerkennung in Österreich feiert, ist in unserem Land eine bedeutsame und immer bedeutsamer werdende Religionsgemeinschaft", so der Bundespräsident.
Am 29. September 2010 überreichte Heinz Fischer das Große Goldene Ehrenzeichen mit dem Stern für Verdienste um die Republik Österreich an den Oberrabbiner der Israelitischen Kultusgemeinde Wien Chaim Eisenberg. Es sei bewundernswert, wie es diesem gelinge, "in besonders humorvoller und menschlich gewinnender Art die religiösen und kulturellen Traditionen der jüdischen Lebensweise auch nichtjüdischen Mitbürgern zu vermitteln", so der Bundespräsident.
Am 13. September 2010 traf der Bundespräsident den Serbisch-Orthodoxen Patriarchen Irinej zu einem Gespräch in der Präsidentschaftskanzlei. Hierbei begrüßte der Patriarch insbesondere die Einführung des orthodoxen Religionsunterrichts an den österreichischen Schulen.
